El objetivo general del IIPROSAM es consolidarse como una institución académica de excelencia destinada a generar conocimiento sobre:
a) el manejo integrado de plagas y su impacto en los sistemas de producción;
b) las enfermedades de importancia sanitaria y;
c) el cuidado del medio ambiente. Estos pilares de conocimiento tendrán como meta principal generar herramientas que promuevan el manejo sustentable y sostenible de los sistemas estudiados a través de actividades de investigación, formación de recursos humanos, transferencia y difusión.

Los objetivos institucionales específicos del IIPROSAM son:

 Colaborar al fortalecimiento académico de la Universidad Pública, abogando por la participación de los integrantes del Instituto en las asignaturas de las Carreras de la FCEyN y por la generación de nuevas instancias formativas, como cursos y programas de capacitación y posgrado en los ejes temáticos del IIPROSAM (Producción, Sanidad
y Ambiente).

 Propender al desarrollo local y regional por medio de una fuerte vinculación con las demandas de la sociedad vinculadas al IIPROSAM, mediante el intercambio, la transferencia y la difusión de conocimientos, la formación de recursos humanos y la docencia.

 Impulsar y desarrollar líneas de investigación en base a problemas concretos de las actividades socio-económicas locales y regionales relacionadas con los ejes temáticos del IIPROSAM.

 Interactuar con instituciones científicas, técnicas y académicas nacionales e internacionales.

 Colaborar en la formulación y desarrollo de políticas de planificación y gestión (a escala local, nacional e internacional) vinculadas a los ejes temáticos del IIPROSAM que permitan dar respuesta a las demandas del territorio.

 Brindar servicios de transferencia y asistencia técnica a diferentes clases de instituciones públicas y privadas.

 Tender lazos con las comunidades a través de las instituciones educativas, con el fin de que se conviertan en verdaderos centros de difusión y de intercambio de saberes.

El IIPROSAM está conformado en la actualidad por los siguientes grupos de investigación:
> Sanidad Apícola y Ecosistemas
> Grupo de Investigación en Microbiología Aplicada
> Parasitología
> Zoonosis Parasitarias
> Palinología y Bioantropología
> Paleoparasitología
> Anatomía Vegetal