El IFIMAR fue creado el 13 de marzo del 2008 por una iniciativa conjunta del CONICET y de la Universidad Nacional de  Mar del Plata, con el propósito de organizar y potenciar las actividades de investigación científica y la formación de recursos humanos en la especialidad.

Con este fin, el IFIMAR apoya y viabiliza la investigación básica y/o aplicada en diversas áreas de interés: Cosmología, Física de Partículas y Altas Energías, Física del Mar, Fisicoquímica, Mecánica Cuántica y Mecánica Estadística. En él se forman recursos humanos de excelencia, en articulación con los Doctorados en Física y en Química de la UNMDP.