Este instituto se encuentra enfocado en generar conocimiento sobre la estructura, el funcionamiento y los determinantes de los servicios ecosistémicos de los ambientes marinos, costeros y sus interfaces -incluyendo áreas costeras, dunas, marismas, intermareales, cuencas relacionadas y frentes oceánicos, así como la interacción con la atmósfera-, bajo un escenario de cambios ambientales.

El IIMyC tiene como principal objetivo  aportar herramientas para un manejo sustentable de estos ambientes a través de actividades de investigación, formación de recursos humanos, transferencia y difusión. Su organización interna consiste en tres Áreas Temáticas que trabajan sobre Diversidad y distribución biológica; procesos ecológicos, estructura y función de los ecosistemas; biogeociencias, disruptores e impactos ambientales.

Las actividades de vinculación científico-tecnológica del Instituto se enfocan en el asesoramiento y elaboración de herramientas y propuestas de aplicación para la resolución y el manejo sustentable de problemas ambientales.